实施生态保护补偿是贯彻落实习近平生态文明思想、践行“绿水青山就是金山银山”理念的关键举措。而今，生态保护补偿相关顶层设计不断完善。
但操作层面还有待加强探索：一是如何界定生态受益者和保护者，即“谁来补、补给谁”的问题；二是采用何种方式进行补偿，即“怎么补”的问题；三是如何确定补偿的标准和金额，即“补多少”的问题。为此建议：
一是实施更为科学合理的生态价值核算。建议国家层面逐步探索建立统一规范的基础理论框架，健全完善衡量生态系统生产价值的指标体系，为同类地区、同类生态系统建立统一规范的核算科目提供参考标尺。可协商选择若干地区进行试算，以积累经验。构建核算结果定期发布机制，及时公开生态资源概况、生态资产价值、生态环境保护修复投入产出效益等内容，使核算结果为生态文明建设提供决策参考。
二是不断完善生态保护补偿标准。在精准实施价值核算的基础上，综合考虑GEP、水足迹、碳足迹、生态保护成本与收益、支付意愿和受偿意愿等因素，利用因素法、项目法等核算方法，确定科学合理的补偿标准，构建差异化生态补偿标准体系。对于生态保护贡献大、价值核算结果较高但经济发展相对滞后的地区，特别是承担水源涵养、水土保持、防风固沙、固碳增汇和生物多样性维护等重要生态功能的地区，加大补偿力度。根据经济发展水平和生态保护实际情况等，科学合理测算生态保护补偿参照金额。
三是探索依据价值核算的补偿方式。建议优化纵向转移支付制度，资金分配充分体现生态绩效战略意义、长远意义。根据价值核算结果，推动补偿方式从“输血型”补偿向“造血型”补偿转变。完善归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅、监管有效的自然资源资产产权制度，坚持政府主导、企业和社会各界参与、市场化运作，探索可持续的资源开发补偿、污染物减排补偿、碳排放权抵消补偿以及水权交易、生态系统碳汇交易等。建议拓展补偿方式，加强地区间横向合作，通过对口协作、产业转移、市场交易、人才培训、共建园区等，健全绿色利益共享机制，共同加强生态保护。
