【扰民不止：危险、污染、昂贵】

除了驻日美军屡屡卷进罪案之外，美军基地给当地居民的生活带来影响，也导致不满情绪的持续酝酿。美军飞机频发坠机事故，包括2004年一架运输机在冲绳国际大学坠毁，引发安全担忧。此外，由于普天间基地位于市中心，军机造成的噪音和空气污染，也成为重大问题。

在1996年达成迁址的共识后，日美双方就具体方案进行了漫长的协商。2006年，双方同意将基地迁移至名护市边野古沿岸地区，成为“边野古基地”，所有费用由日本政府负担。美方则同意把占约近半数的8000名陆战队员移驻关岛。

然而，在成为替补地点的名护市边野古沿岸，当地居民也对美军基地持不欢迎的态度，认为填海造陆工程会破坏大海和珊瑚礁。同时一旦发生战争，冲绳将首当其冲。日本国会冲绳选区众议员照屋宽德称，从日美政府的所作所为看，“冲绳被其视作了军事殖民地”。

2015年10月，冲绳县知事翁长雄志取消了对在当地填海造陆的许可。翁长甚至在联合国人权理事会发表演说，力陈驻日美军基地逾七成设在冲绳的情形“不顾人权”。

此外，美军基地也是一个沉重的经济负担。今年1月，日本外相岸田文雄与美国驻日大使卡罗琳•肯尼迪就日方负担的驻日美军经费(又称“温馨预算”)签署新的特别协定，核心内容是2016年度起五年内增加预算总额，今后5年总额预计约达9465亿日元。