据报道，池中有乏燃料和未使用燃料棒共计392根。池上方堆积着因事故发生时的氢气爆炸而损坏的屋顶框架等，要设置燃料处理机就必须移除这些瓦砾。由于移除作业中需要防止钢架等落入池水中损伤燃料，东电计划事先在池内水面覆盖特殊保护罩。

东电通过远程操控悬挂摄像机的吊车，对池内进行了拍摄，发现池内不存在妨碍设置保护罩的瓦砾，燃料上方也没有大块瓦砾。8月2日，东电曾确认了池水的浑浊程度，9月27日进行了详细调查。

由于乏燃料池位于反应堆厂房最顶层，东电将把燃料移至核电站内的共用池中，进行更加稳定的保管。关于从发生堆芯熔化的3个机组取出池中燃料的工作，4月已在3号机组启动，但问题不断。由于瓦砾较多的1号机组和辐射量较高的2号机组，在准备上耗时颇长，东电将力争2023年度开始取出。