1903年，孙中山在日期间，对留学生所办刊物只高谈民族主义、倡言革命，但却讳言排满颇感忧虑。他便邀刘成禺、马君武详谈，鼓励他们把握机会，公开提出排满口号。是年1月29日，留日学生齐聚会馆庆贺新春。联欢晚会正在进行，马君武、刘成禺先后登台，当着台下正襟危坐的驻日公使和留学生总监的面，大声疾呼排满革命，以救中国。

这一行动引发了一场有关革命方法的大讨论。在上海刊行的《苏报》用大量篇幅刊载相关的消息和评论成了内地宣传排满革命的桥头堡。

《苏报》大张旗鼓宣传革命，早已引起当局不满，但苦于报社开在租界，不好直接下手。经清廷一再交涉，1903年6月30日，上海租界当局才同意采取行动。蔡元培、吴稚晖、陈范得知情况有变，先后出走躲避。章太炎却坚持留在报社。他说：“革命没有不流血的，我被清廷查拿，现在已经是第七次了！”当警探冲进报社，章太炎指着自己的鼻子说：“其余人都不在。要拿章炳麟，就是我！”

判决之后，章太炎被关在提篮桥租界监狱，每天做工8小时，缝衣、烧饭，吃着恶劣的饭食。一有空隙，他们就吟诗、写作、读书。每逢探监时间，蔡元培等就轮流给他们带来狱外的消息。在狱中，章太炎还参与了光复会的创立。1906年6月29日，章太炎刑满出狱，毫无憔悴之色，当晚即由孙中山先生安排东渡日本，去主持同盟会机关报《民报》。