迄今为止，中华文明探源工程分为预备性研究和第一、二、三、四、五阶段。

中华文明探源工程预备性研究(2001—2003年)。由于这一项目涉及的时间和空间范围广，参与的单位和学科多，研究的内容复杂，项目的组织和实施难度较大，因此首先于2001—2003年进行了“中华文明探源工程预备性研究”。预备性研究设置了“历史文献与古史传说研究”“天文考古学研究”“史前符号汇集及其与文字关系研究”“关键遗址的测年技术研究”“冶金术研究”“文明形成时期的资源与贸易研究”“文明形成时期的经济状况研究”“文明形成时期聚落与社会研究”“环境变迁与文明演进关系研究”等9个课题。经过研究，各个课题获得了不同程度的进展。预备性研究最大的收获是，初步摸索出一套多学科结合研究中华文明起源和早期发展的技术路线和实施方案，为正式开展中华文明探源工程奠定了坚实基础。

中华文明探源工程第一阶段(2004—2005年)。这一阶段开展“公元前2500年—公元前1500年中原地区文明形态研究”。这一时间段是龙山时代晚期到商朝初年。主要探讨中原地区这一时期的环境背景和经济技术发展状况及其在文明形成过程中的作用、各个都邑性遗址的年代、中原地区文明形成期的聚落形态所反映的社会结构、中原地区早期文明形态等问题。之所以从中原地区入手，是因为该地区考古学文化谱系已经建立，又有较多历史文献和古史传说作为参考，比较容易推动相关研究。

中华文明探源工程第二阶段(2006—2008年)。在第一阶段的基础上，把研究的时间范围扩展到公元前3500年—公元前1500年，空间范围从黄河中游扩展至黄河上、中、下游，长江中、下游和辽河流域等地，主要研究该时间段中各个地区都邑和区域中心性遗址及其所属考古学文化的年代、环境变化、经济技术发展状况和社会结构变化。

中华文明探源工程第三阶段(2009—2012年)。在前一阶段的基础上继续深化研究，研究的时间范围依然是公元前3500年—公元前1500年，重点研究课题包括黄河、长江及西辽河流域考古学文化年代谱系的完善和各地文明化进程中重大事件的年代学研究，各地区环境变化与文明演进的关系研究，各地区技术和生业的发展以及铜、玉、盐等重要资源与文明形成的关系研究，都邑性聚落和各个区域中心性聚落反映的社会结构研究，文明形成过程中精神文化的发展状况研究，中华文明形成和早期发展的整体性研究。

中华文明探源工程第四阶段(2013—2018年)。这一阶段的工作主要是对第三阶段设置的年代、环境、生业、都邑和聚落反映的社会结构以及整合研究等几大课题继续开展研究，在此基础上形成第四阶段结项报告。

中华文明探源工程第五阶段(2020—2024年)。这一阶段仍然延续探源工程前四阶段的方针和技术路线，将近几年新发现的距今5500年到3500年的重要遗址纳入工程中，并加强了理论阐释方面的力度。（王慧峰）