抽签仪式在吉隆坡文华东方酒店举行。在上一轮世预赛亚洲区４０强赛中，８个小组的头名和４个成绩最好的第二名，即伊朗、澳大利亚、韩国、日本、沙特阿拉伯、乌兹别克斯坦、阿联酋、中国、卡塔尔、伊拉克、叙利亚和泰国晋级１２强赛。

１２支球队按照４月７日国际足联发布的最新一期世界排名分为六档，每档的两支球队分别进入两个小组。在这一原则下，伊朗队在亚洲球队中排名最高，为第４２位，与排名第５０位澳大利亚队的划归为第一档。分列第５６、５７位的韩国和日本队处于第二档，沙特（６０位）和乌兹别克斯坦队（６６位）归为第三档，阿联酋（６８位）和中国队（第８１位））分为第四档，卡塔尔（８３位）和伊拉克队（１０５位）为第五档，叙利亚（１１０位）和泰国队（１１９位）划归第六档。

抽签由亚足联秘书长约翰主持，抽签从第六档球队开始。轮到中国队所在的第四档，中国队抽进了Ａ组，同组球队包括伊朗、韩国、乌兹别克斯坦、卡塔尔和叙利亚队。Ｂ组的６支球队是澳大利亚、日本、沙特阿拉伯、阿联酋、伊拉克和泰国队。

根据亚足联公布的赛程，１２强赛共１０个比赛日，首轮比赛是２０１６年９月１日，第１０轮比赛是２０１７年的９月５日。每个小组的６支球队将进行主客场循环比赛，每个小组的前两名、即一共４支球队将直接入围世界杯。两个小组的第三名将进行附加赛，定于２０１７年１０月５日和１０月７日举行，Ａ３先主场。胜者将与北中美洲及加勒比海地区世预赛第五轮排名第四的球队在２０１７年１１月６日和１１月１４日进行两回合比赛，决出一个世界杯３２强名额。