在人们想象中，作为民国年代“高干”的蔡元培，在生活上应该是养尊处优、房产众多、家财万贯的“富翁”。但为人正直的蔡元培一生两袖清风，生活简朴，甚至可以用清苦形容。

蔡元培曾在上海创设爱国女校及爱国学社，任总理。并以《晨报》为阵地，提倡民权，宣传排满革命。蔡元培这个“一把手”完全可以坐在办公室里指挥工作、听取汇报，可是，他兼办《晨报》时亲力亲为，在艰苦的环境下工作。当时的上海冬日滴水成冰，室内无烤火设备，蔡元培披件蓝色棉大衣，每晚要写两篇论文（一文言，一白话），右手冻疮溃裂，肿得如馒头一般。但是，他仍坚持工作，右手套一只半截露指的手套写稿，左手放在大衣袋里取暖。在这一年除夕，报社经济窘迫揭不开锅的时候，他不得不向同事借一颗蜜蜡朝珠去典当过新年。

当蔡元培担任北大校长之初，北平街头已经飞驰流线型汽车，可是他却步行上下班。时任财务总长的孙宝琦看不下去，送了一辆马车给他，可当孙宝琦再次登门造访时，发现蔡元培并没有使用马车，原来是没有马，于是又送上一匹马。就这样，蔡元培才开始坐在表面斑驳的马车车厢里到北大上下班。

蔡元培在南京临时政府任教育总长时，月薪与所有工作人员一样。到北平后，他尽义务兼教育总长，不领分文工资。

蔡元培的晚年生活过得更加艰难。晚年他旅居香港，手头拮据，连生病后也无钱医治。1940年3月3日晨，蔡元培起床后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继之昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。他身后上无片瓦，下无寸地，留给后人的是千余元医药费的欠账。入殓时的衣衾棺木，由商务印书馆的王云五代筹。

蔡元培逝世时，毛泽东特发唁电：“学界泰斗，人世楷模。”周恩来送挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”