九一八事变发生后，东三省垂危，大片国土即将沦丧，中华民族已经到了最危险的时候。消息传来，章太炎痛心疾首，他虽已是迟暮晚年，却犹如一头震怒的雄狮，投袂而起、奔走呼喊。他公开表明自己的态度，中国应向日本正式宣战。

1932年1月2日，日军占领锦州，中国守军全线溃败，东三省沦陷。章太炎悲愤至极、焦虑至极。1月13日，与马相伯、张一麐、李根源、沈钧儒、章士钊、黄炎培联名通电：“守土大军，不战先撤，全国将领猜贰自私，所谓中央政府，更若有若无”，要求国民政府“联合全民总动员，收复失地，以延国命”，并说“全民悲愤，不甘坐毙，恐有采用非常手段，以谋自救救国者”。

1933年1月12日，西北军首脑冯玉祥派人面见章太炎，对时局表示焦虑和担忧。冯玉祥坦言：“倘有赴难之机，决不惜一切之牺牲也。”他为这种抗战热忱所感动，立即给冯玉祥复信，希望他与张学良联合起来，共同抗日。这封信尖锐地批评蒋介石“攘外必须先安内”的政策，将蒋介石比喻为卖国媚寇的西太后，说：“外患方亟，而彼又托名剿共，只身西上，似此情形，恐有如前清西太后所言‘宁送朋友，不送家奴’。”

同年5月，冯玉祥在张家口就任察哈尔抗日同盟军总司令，通电全国，宣誓抗日，决心“武装保卫察省而收复失地，争取中国之独立自由”。章太炎读此通电，欢欣鼓舞，立即与马相伯联名通电声援。

由于蒋介石、汪精卫的掣肘，察哈尔抗战连连受挫，冯玉祥被迫离职，章太炎对其处境深表同情。国民党当局的不抵抗政策让华北失守，章太炎义愤填膺，他在一首诗中借古讽今，将最高当局比喻为南宋小朝廷，无情鞭挞其苟且偷安、怯弱可怜之状：“淮上无坚守，江心尚苟安。怜君未穷巧，更试出蓝看。”

蒋介石对这位民国元勋既恼火异常，又无计可施。只得请章太炎的金兰兄弟张继从中劝说：“大哥当安心讲学，勿议时事。”章太炎反问张继：“谁使吾辈为小朝廷之民者？谁使同盟会为清名而被人揶揄嘲弄者？愿弟明以教我。”如此慷慨悲愤的质问，张继无以作答，只得默然。