作为土壤研究专家，周健民多次在全国两会上提交关于土壤污染防治和耕地保护的提案。针对土壤污染，周健民建议，相关部门应制定更为合理的评价标准，科学施治，以解决“土壤病”。土壤污染最大的问题是家底不清，同时多部门管理造成职责交叉、界限不清，建议尽快开展第三次土壤普查。

“现在科研人员使用的数据，大多还是上世纪80年代初第二次土壤普查的数据。实际上这30多年来是我国土壤变化很大的时期，反而没有很详细的数据。”周健民说。

2014年4月，环境保护部和国土资源部联合发布的《全国土壤污染状况调查公报》显示，全国土壤环境状况总体不容乐观，总的超标率为16.1%，其中耕地污染问题最为突出,土壤点位超标率达19.4%。“这个数据很吓人，但也未必可靠。”对上述数据，周健民表示，土壤污染防治涉及多部门，如国土资源、农业、环保、工业等，存在部门职责交叉、界限不清的问题。周健民说，现在不同的部门采取不同的方法、不同的标准，调查得出的结论也不一样，这会造成混乱。“因此，我们需要统一标准、统一方法，以确保我们掌握真实的数据。”