农业部门

8. 农业转基因生物安全评价费

质检部门

9. 设备监理单位资格评审费

测绘地信部门

10. 测绘仪器检测收费（不含按经营服务性收费管理的自愿委托检测费）

11. 测绘产品质量监督检验费（不含按经营服务性收费管理的自愿委托检验费）

宗教部门

12. 清真食品认证费

（二）停征的涉企行政事业性收费（共23项）

国土资源部门

1. 地质成果资料费

环境保护部门

2. 城市放射性废物送贮费

3. 登记费。包括：进口废物环境保护审查登记费，化学品进口登记费

交通运输部门

4. 船舶登记费

5. 船舶及船用产品设施检验费（中国籍非入级船舶法定检验费）

卫生计生部门

6. 卫生检测费

7. 委托性卫生防疫服务费

水利部门

8. 河道工程修建维护管理费

9. 河道采砂管理费（含长江河道砂石资源费）

农业部门

10. 植物新品种保护权收费

11. 农药、兽药注册登记费。包括：农药登记费，进口兽药注册登记审批、发证收费

12. 检验检测费。包括：新饲料、进口饲料添加剂质量复核检验费，饲料及饲料添加剂委托检验费，新兽药、进口兽药质量标准复核检验费，进出口兽药检验费，兽药委托检验费，农作物委托检验费，农机产品测试检验费，农业转基因生物检测费，渔业船舶和船用产品检验费