为什么保护运河的呼声不绝于耳，保护运河的意义也为人所共识，而保护运河的实际工作推动起来却困难重重、迟滞延缓呢？其中一个重要原因，就是运河遗产研究工作没有受到应有的重视，人们对运河遗产还缺乏客观、理性、科学和全面的认识，运河遗产保护的理论指导远远滞后于实践的需求。

水利史研究在中国源远流长，但运河遗产研究却刚刚起步。运河遗产保护的真实性和完整性要求使运河遗产研究具有独特的研究目标、研究内容、研究原则和研究方法。然而目前联合国教科文组织的重要成果《国际运河史迹名录》中，中国运河部分研究明显不足，在后记、参考资料、文献目录中甚至找不到中国专家的名字。

为此建议，将大运河遗产研究作为一项长期工作，纳入国家重大科研规划。加强大运河遗产的跨学科研究，改变按科技部、社科院等不同渠道申报科研课题的局限性，综合水利工程、交通工程、地理学、空间信息技术、考古学、历史学、文物保护、管理学等多学科联合开展研究。在大运河申遗工作开始倒计时的紧迫形势下，采取边研究、边调查、边规划的三边策略，立即组织开展运河全线关键枢纽地区的跨学科调查研究和评估工作，拿出详实、科学的研究成果作为规划基础和申遗依据，以又好又快的科学发展观精神对待运河遗产的保护和申报工作。