1913年二次革命失败后，在袁世凯的镇压下，孙中山、黄兴等避往日本，但章太炎却公开宣布要去北京，向袁世凯质问。他告诉大家说：“决定要去面质包藏祸心的袁世凯，明知是虎穴，可是不入虎穴，焉得虎子。”

章太炎到达北京后，曾多次要求见袁世凯，但不得要领。1914年2月，章太炎又前往总统府要求会见，但被拒绝，于是章太炎竟在夜间拿着铺盖到总统府前睡觉，结果被袁世凯软禁起来。

章太炎被软禁后，在厅里挂上一副对联，上联写：“杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀”，下联写：“疯、疯、疯、疯、疯、疯、疯”，还写了“袁贼速死”的横批。又在屋中写满“袁世凯”几个字，再用手杖敲打，说这是“鞭尸”，后来更在院里挖树根雕刻成人形，上面写上“袁世凯”三个字，用火烧了之后又把灰烬挖坑埋掉，并高声欢呼说：“袁贼烧死啦!”后来更命厨师断炊，决意绝食。

此事传出后，社会各界知名人士纷纷致书袁世凯，多方营救。袁世凯摄于章太炎的影响，也怕章太炎真的饿死让自己遭到各界更多谴责，于是派医生诊视，并将章太炎从城外移到城里的钱粮胡同。软禁的地方所有饮食需求一应俱全，同时允许家人和朋友来探望，但就是不让外出。章太炎一直被关到到袁世凯死后，黎元洪任总统时，才恢复了自由。

时人耳闻目睹章太炎敢于直言攻击袁世凯，且言辞激烈的情况，于是给章太炎起了个“民国祢衡”的绰号。但是章太炎自己对这个绰号并不认同。一次，他的弟子吴承仕前来探望他，问章太炎说：“吾师，您比祢衡如何?”章太炎一听此话，立即回应道：“祢衡岂能比我?”