据台湾《中国时报》11日报道，在蔡英文向原住民道歉后，供奉“国姓爷公”郑成功的台南市鹿耳门溪口镇门宫主委林忠民自称，两周来连续被郑成功托梦，要求他在14日开始的祝寿法会上代为向原住民道歉，为300多年来的汉人与原住民争议寻求和解，“镇门宫也因此成为全台第一个向原住民公开道歉的国姓爷庙宇”。林忠民称，“国姓爷”对他说，当时驻台期间无论是征粮还是屯垦，对于官员或士兵杀害原住民管理不当，产生后代纷争，无论当时是部属还是自己的决策错误，国姓爷都愿概括承受。据悉，镇门宫今年的祝寿法会将由林忠民代表郑成功，其他委员代表当年的郑家兵将，14日起一连3天举办祈安法会，向阿立祖(平埔族群的祖灵)祭拜超度，展现诚意向原住民道歉。《联合报》11日称，鹿耳门镇门宫的庙址是郑家军最早登台地点，除主祀郑成功外，同时供奉郑母，是镇门宫的最大特色。上月底，成功大学和长荣大学等原住民教师及研究人员曾到台南火车站前对郑成功铜像泼洒红墨水，还拉起印上血手印的抗议横幅。鹿耳门镇门宫法会超度道歉，被认为与此有关。

针对镇门宫准备道歉一事，台南市原住民议员谷暮·哈称，神明托梦一事不知真假，但尊重庙方正视历史的态度，会看邀请函内容再决定是否出席。郑氏家庙总干事郑锦德对和解态度表示支持，称原住民族对于郑成功的不满持续累积，忿恨需要出口，“延平郡王祠、郑氏家庙都会参与”。台南市长赖清德通过新闻处表示，对于人民情感的自然流露行为，都予以尊重。静宜大学台湾研究中心执行长温宗翰认为，没有官方加持，而是从民间镇门宫释出和解善意，作为打破郑成功神话的开始，具有历史意义。不过，也是文史工作者的郑氏宗亲会成员郑道聪则认为，荷兰人与日军屠杀和迫害原住民的数量更多，原住民后代却要将历史责任背在郑成功身上，“很不公平”;如果神明要插这一脚，他也没话说。

今年初蔡英文当选以来，民进党重拾陈水扁时期提出的“转型正义”，对所谓过去因威权压迫而权益受损者进行赔偿或恢复名誉等，有关郑成功定位的争论因而日益激烈。《旺报》称，回顾过去两年引起争议的17条微调课纲，被尊为“国姓爷”的郑成功正站在“争议17条”的风口浪尖。意识形态偏蓝的几版教科书对郑成功的叙述基本是这样的：1644年明朝崇祯皇帝自缢，清廷入主中原，部分明朝宗室在南方建立政权继续抗清，当时手握军政大权的海上势力郑芝龙1646年降清，其子郑成功则以“反清复明”为号召，奉明朝正朔出兵台湾，1662年赶走荷兰人;总计到1683年郑成功之孙郑克塽降清，郑氏家族统治台湾21年。这些版本不约而同地称郑成功时期为“南明时期”。但偏绿教科书可不这么看，它们认为郑成功来台除了抗清，也是为其海商集团找到根据地：因为台湾地理位置优越，郑氏政权以台湾为中心，把蔗糖、鹿皮及稻米销往日本、英国，把金属转销到东南亚，另从英国购入军火和棉布。这些版本还提到，其实郑成功来台不到一年就病逝，郑氏家族治台时间也不长，但现在台湾各地到处有以成功、延平为名的地名、学校和庙宇等，主要是符合汉人“政治法统”的需求，至于日本殖民时期，日本政府则因为郑成功有日本血统(其母是日本人)把他视为日台连结之源。翰林版更直接援引古籍，指郑成功之父郑芝龙是大海寇，“据台湾为巢穴”，郑成功也仅是在台“纠集亡命”，但历代政府对其礼遇有加，“暗示郑成功的分量被不成比例地放大”。

值得一提的是，岛内各版本教科书都提及，郑成功之子郑经和清朝多次谈判，希望以“朝鲜模式”称臣纳贡但不剃发，成为清廷藩属国，但被拒绝。《旺报》称，“由于‘南明在台湾’和中华民国迁台微妙相应，这段历史也令人浮想联翩”。“中研院台史所所长”谢国兴还曾公开称，他不认为郑成功光复了台湾。

针对“一个郑成功，蓝绿各表”，《联合报》11日评论称，郑成功一直被当权者视为重要的民间信仰，执政者不论以什么形式道歉，出发点应是真心的团结融合，才不会沦为政治操作。