检方认为，林锡山在担任秘书长期间主导电脑采购案，涉嫌收取科技公司3950万元(新台币，下同)贿款，泄漏招标底价。台北地检署依贪污、洗钱等罪名，起诉林锡山、“立法院”秘书室科长陈亮吟等13人。

侦办过程中，检方已缴回不法所得3950万元。但调查人员发现，林锡山从2012年开始收取回扣，三年内银行帐户增加逾2.4亿元财产，与其收入明显不符，且又无法提出合理说明，怀疑林涉及其它罪嫌，已另外立案侦办。

调查人员还意外发现林锡山曾想捐2000万元政治献金给民进党主席蔡英文。台北地检署指出，为此另分他字案调查，近日已秘密传讯蔡英文，蔡供称知道此事，但当时已拒收。

检方表示，查扣的林锡山等人的不法帐册上也记载“已退回”，调查后认为蔡英文并没有违反“政治献金法”，2日将该案签结。