由于学生少，导致农村小规模学校的第二个困境是缺钱。

当前体制下，义务教育阶段公用经费按生均拨付，学生少，拨付的公用经费自然就少。维持学校正常运转所必须的办公费、水电费、小型维修添置等都很困难，学校想要发展只能靠上级拨款。

尽管教师工资由财政全额拨款，但地方规定的奖励性津补贴、改革性津补贴等还是需要学校自行承担。学校只有公用经费这一项收入来源，无法兑现教师正常的工资待遇。加上退休教师也应享受奖励性津补贴，由于各种原因，农村小规模学校退休教师偏多，有的甚至比在职教师多出一两倍，更加重了学校的经济负担。

同时，学校虽小，学生也少，但作为一个独立的法人单位，学校的各项工作又必须按要求完成，因此，学校运行的成本相对较高，学校更显得捉襟见肘。

摆在农村小规模学校面前的第三个困境是环境差。

首先是地理环境差，这些学校往往都地处交通不便的小山沟，很偏僻，缺少生气，孩子上学、教师上班都不方便。

其次是家长环境差，有能力的家长想方设法把孩子转到镇区或城区上学，剩下的家长要么对孩子的教育不闻不问，要么是隔代教养，这些家长不懂教育不说，还动辄对学校、对教师横挑鼻子竖挑眼。

第三是学习环境差，留在小规模学校的孩子由于家长的不重视等各种原因，面临一个相对不利的学习环境，不仅表现在学业成绩上，在行为习惯的养成上也同样出现问题。

最后是社会环境差，社会各界(包括教育界内部)和家长都对农村小规模学校有一种偏见，认为越小的学校越差，导致坚守的教师自觉“低人一等”，学校和教师的各项话语权也相对较弱。一些地方教育行政部门将犯了错误(违纪违规)的教师调到农村小规模学校作为惩罚(处分)，或将农村小规模学校中的优秀教师调到城区学校作为奖励等“隐性歧视”，也让坚守的农村小规模学校教师感到寒心。

另外，接送学生的车辆现在一般都要求是国标校车，但校车公司管理不到位，学校又无权无法干涉，导致校车司机可能“绑架”学校，按他接送的方便将招生片区内的学生拉到其他学校，可能出现同一个塆的孩子、同一辆校车接送、在不同学校就读的现象，使得小规模学校招生更困难。