1995年，时值土地政策调整的关键时期，农村家庭联产承包责任制的期限问题引发激烈争论，导致不少农民对30年土地承包期限到期后的出路表示担心。针对这种情况，中改院在充分调查研究的基础上，1996年向中央有关部门提交了“深化农村经济改革的60条建议”，提出尽快实现农户土地使用权的长期化、物权化、资本化，从制度上稳定广大农民的预期。

1998年，中改院率先提出“赋予农民长期而有保障的土地使用权”这一重要建议，引起中央领导的关注，时任国务院副总理温家宝同志作了批示。此建议报告提出，要从法律上赋予农民长期而有保障土地使用权，把农民土地使用权纳入产权保护范畴，使其拥有对土地使用权依法享有占有、使用、收益的权利。当时正值党的十五届三中全会《决定》起草期间，此建议报告被作为起草三中全会《决定》的参阅件。全会作出的《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，直接采用了这一建议。

为配合国家土地法律法规修订，中改院在1999—2000年集中力量研究土地立法问题，建议“把土地使用权真正交给农民”纳入立法，提交了一系列“农村土地使用权立法的建议”。这些成果被用作国家土地承包法起草的参阅件，部分内容被直接采用。时任全国人大农村工作委员会的主要领导对这些研究成果给予很高评价，三次亲自带领土地承包法工作小组到中改院，征求对土地立法的意见和建议。

2014年，全国政协委员、中改院院长迟福林向全国政协十二届二次会议提交“尽快从法律上赋予农民长期而有保障土地财产权的建议”提案，提出从法律上把农民土地使用权纳入产权保护范畴、强化农民在征地中的主体地位等具体建议。

实现城乡统筹协调发展，需要跳出“三农”看“三农”，把“三农”问题放在人口城镇化大格局中统筹解决，而人口城镇化的关键，在于城乡之间资源要素的合理流动。“让农民工成为历史”是中改院多年的政策主张。中改院认为，数以亿计的农民工问题不仅关乎农村发展，而且在很大程度上决定着城镇化成败，是统筹城乡关系的焦点。中改院课题组在赴广东、湖南、四川、浙江等地深入调研的基础上，2010年率先提出“让农民工成为历史”的政策主张，形成了一系列研究报告。近两年，中改院又提出“以城乡统一的居住证制度取代城乡二元户籍制度”的建议，目标就是让传统的城乡二元户籍制度退出历史舞台，实现城乡居民基本权益平等化。

3. 推进政府转型，建设公共服务型政府

中国改革的核心问题是处理好政府和市场关系。中改院一直把政府改革作为重点研究课题，在改革的不同阶段，中改院都根据经济社会发展的现实情况对政府改革的客观要求来提出有针对性的改革建议。

1996年，中改院提出政府的主要作用是提供公共产品和公共服务，政府改革的核心是转变政府职能。

2003年SARS危机期间，针对危机背后隐藏的深层次体制问题，中改院率先提出从“经济建设型政府”向“公共服务型政府”转型的建议：一是从优先于经济目标向优先于社会目标转变；二是从投资型财政体制向公共服务型财政体制转变；三是从封闭型的行政体制向公开透明的行政体制转变；四是从行政控制型体制向依法行政型体制转变；五是从条块分割的行政体制向统一协调的行政体制转变。其后，中改院相继提出“政府转型”的理念与一系列的政策建议。这些建议，对政策决策与理论研究产生了重大影响，逐步受到国家相关部门的重视，被决策所采纳。

2007年，中改院率先提出“以基本公共服务均等化为重点调整和改革中央地方关系”的建议，尽快实现中央地方关系从“以经济总量为导向”向“以基本公共服务均等化为重点”的转变。2012年，中改院完成中编办委托的《走向公共服务型政府——未来5-10年深化行政管理体制改革战略研究》研究报告，得到中编办的高度评价，并经相关领导同意，呈送给中央编委各领导参阅。